蓝藻的藻体具有特殊的色素，一般呈蓝色，是藻类中最原始的类群。细胞内没有真正的细胞核，仅有核质，不具核仁和核膜。蓝藻是广适性藻类，在85℃的温泉中，在高山的冰雪中，在海洋及淡水中均有生存。蓝藻可以消耗水中的溶解氧，当蓝藻大量繁殖时，水中的溶解氧浓度也迅速降低，造成鱼虾、螺蛳等水生物的死亡，使水体遭受污染。尽管是死亡的蓝藻，它在被细菌分解的过程中还是会产生毒素。太湖和滇池都曾深受蓝藻污染之苦。
河流湖泊中，蓝藻含量过高是否会对人体有影响，目前还没有明确的说法，但从实验结果来看，它对肝、脾都有一定的影响。而蓝藻爆发的周边地区，其癌症爆发比例要比其他没受蓝藻污染的地区大。
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